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L'avenir de Nishiki, une collégienne vivant à la campagne, semble tout tracé, ce qui est loin de la ravir. Un jour, elle fait la connaissance d'Atsumori, un lycéen tokyoïte qui lui propose de s'enfuir avec lui pour se marier. Eprise de liberté, la jeune fille accepte sans réfléchir et le rejoint à Tokyo. Pourtant, Atsumori semble n'avoir aucun souvenir d'elle lorsqu'il la voit.

A cause d'un gros rhume, Rebecca est envoyée à la campagne chez Pépé Bestiole, un grand-père haut en couleur. Sur place elle découvre la nature, qui, loin d'être hostile, l'amène à s'affirmer et à s'ouvrir aux autres. Se sentant délaissé, Ernest le microbe se fait rare, ce qui ne manque pas d'inquiéter Rebecca.

Sylvain et Camille sont conseillers politiques. Un soir, ils se retrouvent isolés avec la présidente de la République au fort de Brégançon. C'est ainsi que les deux idéalistes décident de la prendre en otage pour imposer au pays une politique écologiste.

Ludovic, le frère de Romain Vichère, donne quelques informations sur le passé de ce dernier à l'avocat Franck Pirondélis pour l'aider à gagner le procès. Il garde toutefois le silence sur le rôle de Leïla Sahli, jeune femme disparue depuis l'attentat, qu'il cache à son domicile.

11 histoires humoristiques, sanglantes, irrévérencieuses ou inattendues mettent en scène l'accident d'un train rempli de passagers, la mort d'un clochard, les nuisances nocturnes occasionnées par les bagarres d'un couple, etc.

Jack et ses amis passent l'été dans un camp de vacances. Ben se moque sans cesse des particularités de ses camarades. Lorsque les chefs organisent une grande chasse au trésor, Ben râle car il estime que Jack est avantagé par son don de transformation. Ce dernier propose de lui prêter son pouvoir le temps du jeu.

Tandis que les combats continuent, les membres de Fairy Tail attendent dans l'angoisse de voir Phantom Lord arrêter son incantation avant de l'avoir terminée. Mais Gajil a retrouvé la trace de Lucy et maître José n'en a pas fini avec Fairy Tail.

L'île de Fairy Tail devient le théâtre de combats opposant les membres de Fairy Tail à ceux des Grimoire Heart. Maitre Makarof tente de s'y opposer mais il est terrassé par Hades.

Tandis que la guerre fait rage entre l'armée d'Arbaless et la guilde de Fairy Tail, Brandish propose d'être la messagère des mages afin de négocier pour eux le retrait des troupes ennemies.

Natsu, Lucy, Happy et Grey partent affronter l'armée d'Avatar, afin de l'empêcher de mettre son plan de purification à exécution. Le combat fait rage lorsqu'ils sont rejoints par Erza, Wendy, Jubia et Carla. Bientôt, l'amée du Conseil peut arrêter les membres survivants d'Avatar.

Natsu et ses compagnons sont parvenus à vaincre Hades. Les Grimoire Heart n'ont d'autre choix que de quitter l'île de Tenrô. Les participants à l'épreuve de sélection des mages de classe S se retrouvent et peuvent goûter à un repos mérité. Mais alors que certains secrets sont révélés, une terrible nouvelle leur est annoncée...

Natsu et ses compagnons doivent affronter Hades pendant que Jubia cherche à reprendre Zeleph, l'objet convoité par les Grimoire Heart.

Le Grand tournoi de la magie commence pour l'équipe de Fairy Tail, qui espère se venger des agresseurs de Wendy et Carla.

Lucy et Natsu affrontent les sbires de l'Empereur Zero, des adversaires redoutables venus décimer le village. Mais voilà qu'Ezra vient les chercher pour les ramener à la guilde. Grey en profite pour donner de plus amples détails sur son passé.

Lucy et ses compagnons prennent des vacances dans un palace du bord de la mer. Des êtres étranges s'en prennent à eux. Erza et Happy disparaissent.

Trafzer et Tempester semblent avoir l'avantage dans le combat qui les oppose à Gajil et à Natsu, mais ces derniers sont pleins de ressources et bénéficient d'un allié inespéré.

La guerre contre la guilde de Phantom Lord est terminée et les membres de Fairy Tail reconstruisent leur auberge. Pendant ce temps Lucy culpabilise et décide de retourner chez ses parents, mais Loki semble avoir un comportement étrange envers elle. Lucy et la bande décident alors de lui venir en aide.

Lucy et ses compagnons doivent arrêter Acnologia qui est réapparu alors qu'ils le croyaient prisonnier de l'interstice temporel. Il arrive à dissocier son esprit de son corps et ce dernier détruit tout sur son passage. Fin de la série.

Makarof, le grand maître de la guilde, a été sauvé. Luxus et la bande de Raijin sont de retour. Tous les membres de Fairy Tail sont rassemblés et solidaires face à la grande bataille qui les attend contre l'empire d'Arbaless de Zeleph. Mais Mavis leur apparaît et leur révèle le plus grand secret de la guilde.